Shinichi Kudo adalah seorang detektif SMU berumur tujuh belas tahun yang diberi julukan sebagai “Sherlock Holmes moderen.” Namun, suatu malam setelah kencan dengan kekasih masa kecilnya, Ran. Shinichi tidak sengaja menyaksikan perdagangan ilegal dan tertangkap basah oleh penjahat itu, tidak sadarkan diri dan diberi obat yang seharusnya bisa membunuhnya. namun saat itu ia terbangun dan mendapati dirinya menyusut seperti tubuh anak kecil usia tujuh tahun. agar dapat melacak orang-orang yang melakukan hal tersebut padanya, Shinichi menyembunyikan identitasnya dan tinggal bersama Ran, yang ayahnya kebetulan seorang detektif abal-abal, dan dengan itu datanglah serangkaian pembunuhan dan misteri yang harus ia pecahkan.