Menjadi berpuas diri dengan gelarnya "Bocah Terkuat Dunia," Baki Hanma menghabiskan hari-harinya dalam kabut kebosanan. Setelah akhirnya menyelesaikan perselisihan dengan ayah iblis-nya Yuujirou, Baki mempertahankan gelarnya di Arena Bawah Tanah Kourakuen sambil menahan menguap yang ditimbulkan oleh kemudahan ia mengalahkan penantangnya. Teman dan mentor Baki juga berjuang dengan status damai baru ini, menyelesaikan prestasi hebat latihan kekuatan dengan sedikit antusiasme.

Segera, Jepang diguncang oleh pengungkapan eksperimen sains lama yang menghasilkan kloning sukses samurai legendaris Musashi Miyamoto. Pejuang terkenal itu menikmati menguji kekuatannya melawan Baki dan ikon petarung Tokyo lainnya, tapi ia berjuang untuk berasimilasi dengan era modern. Miyamoto berpegang pada idealisme kuno tentang kehormatan dan duel sampai mati, filosofi yang bertabrakan dengan masa kini yang lebih tenang.

Saat pendekar pedang yang dibangkitkan berusaha naik ke puncak masyarakat asing ini dengan memotong teman-teman Baki, ia menemukan dirinya dalam jalur tabrakan dengan remaja yang penuh dendam. Baki merangkul gelombang kegembiraan ini dan bertemu rival barunya secara langsung.